มาตรา ๔๕ ให้มีคณะกรรมการบริหารกองทุนคณะหนึ่ง ประกอบด้วย ปลัดกระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์เป็นประธานกรรมการ ปลัดกระทรวงการต่างประเทศ ปลัดกระทรวงยุติธรรม ผู้แทนสำนักงบประมาณ ผู้แทนกรมบัญชีกลาง และผู้ทรงคุณวุฒิซึ่งคณะกรรมการแต่งตั้งจำนวนสามคน ในจำนวนนี้ต้องเป็นผู้แทนจากภาคเอกชนจำนวนสองคนซึ่งเกี่ยวข้องกับงานด้านพัฒนาสังคม ด้านสังคมสงเคราะห์ ด้านป้องกันและปราบปรามการค้ามนุษย์ หรือด้านการเงิน เป็นกรรมการ และให้รองปลัดกระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ซึ่งปลัดกระทรวงมอบหมายเป็นกรรมการและเลขานุการ